目前，关于食药监管究竟是要属地管理还是垂直管理，一直存在争议。专家认为，该文件再次明确了属地管理的监管模式，但如何“防止地方保护主义”就成为新监管模式下亟须解决的问题。
国务院近日发布“关于地方改革完善食品药品监督管理体制的指导意见”，确定地方食药监管机构改革的时间表。根据上述文件，省、市、县三级食品药品监督管理机构改革工作原则上分别将在2013年上半年、9月底和年底前完成。
破解“地方保护主义”难题既然已经明确了属地管理的原则，那么“防止地方保护主义”就成为亟须解决的问题，在制度层面，政府也针对该问题做了一些设置。根据前不久发布的“国务院办公厅关于印发国家食品药品监督管理总局主要职责内设机构和人员编制规定的通知”，食药总局将设10名国家食品药品稽查专员，稽查专员专司检查督查地方食品安全执法工作。人民大学农业与农村发展学院副院长郑风田表示：“这个制度是好的，因为地方负总责，地方一般不愿意把负面的信息暴露出去，以免让上级知道。还有地方保护主义，商品生产地的地方政府会因为问题发生在消费环节，不在自己管辖地盘，就不太重视质量问题。对此，稽查员开展监督会有一定作用。”郑风田同时强调，“稽查员也有漏洞，因为稽查员有可能"被公关"。稽查员就那么几个人，很容易成为公关对象，如果稽查员的公正性得不到保证，就等于"猫都给关到笼子"里去了。建议稽查员应该经常换，多聘一些食药监管部门之外的人，一定要是匿名的。如果稽查队伍老是不变、数量又少，很容易被搞定。”
属地管理模式存在争议南开大学法学系教授宋华琳告诉南都记者，该文件实际上再度明确了“属地管理”的原则。据了解，食品药品监管到底是垂直管理还是属地管理，一直是有争议的。垂直管理是中国政府管理中的一大特色，实行垂直管理意味着直接由省级或者中央主管部门统筹管理“人、财、物、事”，不受地方政府监督机制约束。从1999年初开始，工商、质监、药监部门先后实行省级以下垂直管理。这一模式被认为遏制了上世纪90年代导致假冒伪劣产品盛行的地方保护主义。但从2008年开始，药监系统率先取消了垂直管理，改为属地管理。国家行政学院电子政务专家委员会副主任汪玉凯曾表示，“我们曾经垂直管理过，但这种情况下地方政府总把责任往上推，说他们没有管理手段了，不该承担责任。后来在调整监管机制的时候，又以属地管理为主。现在，到底如何管理，依然是有争议的。”2012年发生了毒胶囊事件，在当时就有专家指出，属地管理不利于遏制这种跨地域的违法行为。宋华琳则认为，“尽管《药品管理法》中规定由各级药品监督管理部门负责药品监管，但实践中药品监管还涉及到诸多其他部门，比如卫生部门负责对医疗机构药品使用活动的管理、基本药物政策的实施；工商部门负责对城乡集贸市场销售中药材的行为实施监管；邮政部门要配合打击通过邮寄途径销售假劣药品的行为；公安机关要协同药品监管部门打击违法制售假劣药品的违法行为。地方政府可以更好地统一负责、领导、组织和协调本行政区域内的药品安全监督管理工作。”
然而，宋华琳也坦言，“在发展导向下，地方政府可能更重视促进包括医药在内的产业发展，而把药品安全监管放在相对次要的地位。”另外，有不愿具名的卫生系统内部人士对南都记者表示，之前的属地管理机制并不健全，在编制、人员配置、法律法规等方面仍存在困难，行政执法主体不明确，事权划分不合理，此外，容易形成画地为牢、各自为政的局面。
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